با توجه به تفاوتهای موجود درجهان اسلام که به اختلاف منجر و حالا به خشونت تبدیل شده می توان بزرگترین مشکل امروز مسلمانان را خشونت در افکار بیان کرد. همدست شدن برخی کشورهای اسلامی با دشمنان مسلمانان ناشی از جهل آنهاست.
آیت الله مکارم شیرازی با دعا برای پیروزی مجاهدان در عراق و سوریه گفت: مبارزه سیاسی و نظامی برای مقابله با تکفیری ها کافی نیست، و باید اندیشه تکفیری از نطر علمی ریشه کن شود.