فعاليت های اين مرکز که شامل تدوين موسوعات و کتب در زمينة موضوعات مصوب هيئت علمی، استخراج مشترکات، و تحشية کتب ارزشمند بجای مانده از علماء سلف به منظور احيای ميراث فرهنگی مشترک، تأليف کتب درسی و غير درسی مقارن و غيره می باشد، با اهداف زير انجام می گيرد:
۱. تعميق وحدت و تفاهم ميان پيروان مذاهب اسلامی از طريق برجسته كردن نقاط مشترک در متون اسلامی با محوريت قرآن و سنت پيامبر(ص).
۲. نشان دادن چهرة واقعی مذاهب اسلامی و شناخت بزرگان دين.
۳. پاسخ صادقانه به سوءظن‌ها و شبهات رايج پيرامون مسألة اختلاف آرا و سعی در از بين بردن آنها در ميان پيروان مذاهب اسلامی.
۴. احاطه بر دستاوردهای علمی و تمدنی مسلمانان در تمام سطوح و ايجاد بستر مناسب برای تبادل افکار ميان متفکرين مسلمان.
۵. دفاع علمی و منطقی از مفاهيم و موضوعات اسلامی و آشکار نمودن حقيقت دين اسلام و برتری آن نسبت به ساير اديان و مذاهب.
اين مركز به لحاظ تشكيلاتي، زيرمجموعه معاونت فرهنگي و پژوهشي است و برنامه ريزي و هدايت علمي آن، زير نظر هيئت علمي صورت مي‌گيرد. هيئت علمي از ميان فضلا و انديشمندان حوزه و دانشگاه با نظر شوراي عالي و ابلاغ دبير كل انتخاب مي شوند. وظايف هيئت علمي تصويب طرح هاي پيشنهادي گروه ها وارزيابي و نظارت بر طرح هاست.
دبير كل مجمع، معاون فرهنگی، مدير مرکز و دو تن از اعضاي شوراي عالي، عضو هيئت علمي هستند. مدير مركز از ميان محققان و فضلای با تجربه حوزه انتخاب مي شود. وظيفه مدير مركز، اجراي كليه طرح هاي مصوب و اداره مركز است.
گروه هاي علمي براساس نيازهاي علمي مجمع و با تصويب هيئت علمي تعيين و تشكيل شده، اعضاي آن با انتخاب هيئت علمي از ميان محققان انتخاب مي شوند. در حال حاضر، پنج گروه علمی به شرح زير در اين مرکز فعال می باشند:
۱. گروه فقه و اصول. ۲. گروه تاريخ وسيره. ۳. گروه کلام وعرفان وتاريخ. ۴. گروه قرآن و حديث. ۵. گروه موسوعات و معاجم.
در اين پنج گروه علمی، محققان با استفاده از کتابخانة تخصصی مرکز که به همين منظور در قم آماده گرديده است به فعاليت می پردازند. طرح‌هايی که تاکنون جهت تدوين در اين مرکز از سوی هيئت علمی تصويب شده‌اند بدين شرح است:
۱- طرح تدوين موسوعة قواعد فقهی مقارن. ۲- طرح تدوين موسوعة مصطلحات اصولی مقارن. ۳- طرح تدوين موسوعة سخنان و احاديث مورد وفاق پيامبر گرامی اسلام(ص). ۴- طرح تدوين موسوعة اصولی مقارن. ۵ - طرح تدوين موسوعة راويان مشترک. ۶- طرح تدوين مجموعه‌ای در شناخت واژه‌های کلامی همراه با نظريه‌های مختلف از مذاهب گوناگون. ۷- طرح تدوين مجموعه‌ای شامل جديدترين مباحث در علم کلام و عقائد اسلامی. ۸- طرح تدوين مجموعه‌ای فقهی شامل آراء مذاهب اسلامی در مسائل مختلف. ۹- طرح تدوين مجموعة فقه مقارن. ۱۰- طرح تدوين مجموعة مبانی فقهی وحدت. ۱۱- طرح تدوين مجموعة زندگينامة طلايه داران تقريب. ۱۲- طرح تهية دورة احاديث مشترک. ۱۳- طرح تدوين سلسله فضائل اهل البيت (ع) در کتب اهل سنت. ۱۴- طرح تدوين سلسلة تاريخ علوم اسلامی و طبقات مؤلفين از شيعه و سنی. ۱۵- طرح تدوين سلسلة کتب در تفسير و علوم قرآن از منظر علماء شيعه و سنی. ۱۶- طرح تدوين سلسلة کتب دربارة وحدت اسلامی و انديشة تقريب و فرهنگ آن. ۱۷- طرح تدوين تفسير روايی از طرق فريقين (شيعه و سنی). ۱۸- طرح تدوين تاريخ تقريب. ۱۹- طرح تدوين کتب کلامی مقارن. ۲۰- طرح تدوين آيات الاحکام. ۲۱- طرح تأليف کتابی در اصول فقه مورد قبول دانشمندان مذاهب مختلف اسلامی. ۲۲- طرح تحقيق و بازنگری و تجديد چاپ کتب تقريبی با هدف احيای ميراث فرهنگی مشترک.
کتب مصوب جهت تصحيح و تحشيه
۱- بازنگری و تجديد چاپ تفسير مجمع البيان۱- ۱۰. ۲- تأليف فهارس مجمع البيان ۱ و۲. ۳- بازنگری و تجديد چاپ الوجيز في معرفة الکتاب العزيز. ۴- تأليف کتاب خلاصة التفاسير المشهورة المقارنة. ۵- تصحيح و تحشية کتاب کنزالعرفان في فقه القرآن ۱-۲. ۶- بازنگری و تجديد چاپ کتاب تفسيرالقرآن شيخ شلتوت. ۷- تصحيح و تحشية کتاب بداية المجتهد ۱ ـ ۷. ۸- تصحيح و تحشية کتاب تحريرالمجلة ۱-۵. ۹- تصحيح و تحشية کتاب مسائل الناصريات. ۱۰- تصحيح و تحشية کتاب الفصول المهمة في تأليف الامة. ۱۱- تأليف کتاب نظرية نفع الضرر في الفقه الاسلامی المقارن. ۱۲- تصحيح و تحشية کتاب التاج (الجامع للاصول في احاديث الرسول[ص]) و دررالتاج. ۱۳- تصحيح و تجديد چاپ کتاب حديث الثقلين. ۱۴- تصحيح کتاب اطلالة علی الرجال و الحديث آية الله بروجردی. ۱۵- تصحيح کتاب حذف الفضول عن علم الاصول. ۱۶- تصحيح کتاب فضائل اهل البيت (ع) عن کتاب فضائل الصحابه. ۱۷- ارزيابی و ويرايش کتاب الحلال و الحرام. ۱۸- تصحيح وتحشية کتاب السيدة النفيسة. ۱۹- تصحيح و تحشية کتاب في نور محمد فاطمة زهرا تأليف عبدالفتاح عبدالمقصود. ۲۰- تصحيح و تحشية الامام جعفرالصادق (ع) تأليف عبدالحليم الجلندی. ۲۱- تصحيح کتاب لباب النقول في موافقات جامع الاصول ۱-۴. ۲۲- تصحيح و تحشية کتاب مناقب اهل البيت (ع) لابن المغازلی. ۲۳- تصحيح و تحشية قرارات مجمع فقهی جده. ۲۴- بحث‌های فرهنگی – اجتماعی مقارن : العولمه. ۲۵- احيای ميراث مکتوب (کتب خطی): خلاصة الادب، تقييد في الثناء.
