للسيد محمد حسين فضل الله الكثير من المؤلفات، وتتوزع هذه المؤلفات ما بين مجلدات وما بين كتيبات صغيرة وهي:
الكتب الفقهية
۱. فقه الشريعة (الرسالة العملية)، وتتألف من ثلاثة أجزاء.
۲. أحكام الشريعة: ملخص لفقه الشريعة.
۳. الفتاوى الواضحة: تعليق على الرسالة العلمية للسيد محمد باقر الصدر.
۴. دليل مناسك الحج.
۵. كتاب الصوم.
۶. المناسك الفقهية.
۷. فقه الحياة.
۸. تحديات المهاجر.
الكتب الإسلامية
۱. الإسلام ومنطق القوة.
۲. مع الحكمة في خط الإسلام.
۳. مفاهيم إسلامية.
۴. قضايانا على ضوء الإسلام.
۵. خطوات على طريق الإسلام.
۶. إرادة القوة.
۷. قضايا إسلامية معاصرة.
۸. الحركة الإسلامية: هموم وقضايا.
۹. الإسلاميون والتحديات المعاصرة.
۱۰. في آفاق الحوار المسيحي الإسلامي.
۱۱. المدنّس والمقدس.
۱۲. للإنسان والحياة.
۱۳. اتجاهات وأعلام.
۱۴. أمراء وقبائل.
۱۵. حوارات في الفكر والسياسة والاجتماع.
۱۶. أحاديث في قضايا الاختلاف والوحدة. 

محاضرات ومفاهيم
۱. الأخلاقيات الطيبة وأخلاقيات الحياة.
۲. تحديات الإسلام بين الحداثة والمعاصرة.
۳. الإسلام وقدرته على التنافس الحضاري.
۴. الإسلام والمسيحية بين ذهنية الصراع وحركية اللقاء.
۵. التوبة.. عودة إلى الله.
۶. المرجعية وحركة الواقع.
۷. رسالة الحج.
۸. مسائل عقائدية.
۹. الحوار بلا شروط تمرد على حالة الخوف.
۱۰. الزهراء المعصومة أنموذج المرأة العالمي.
۱۱. ۱۰۰ سؤال وجواب.


ندوات ومحاضرات
۱. تقوى الصوم.
۲. بينات.
۳. الجمعة منبر ومحراب.
۴. صلاة الجمعة : الكلمة والموقف.
۵. الندوة: أربعة عشر جزءاً تتألف من المحاضرات الأسبوعية التي يلقيها السيد كل ليلة سبت في مدينة السيدة زينب في سوريا.
القرآنيات
۱. حركة النبوة في مواجهة الانحراف.
۲. أسلوب الدعوة في القرآن.
۳. الحوار في القرآن.
۴. من عرفان القرآن.
۵. من وحي القرآن: تفسير القرآن الكريم.
الدعاء
۱. في رحاب دعاء كميل.
۲. في رحاب دعاء مكارم الأخلاق.
۳. آفاق الروح.
۴. في رحاب دعاء الافتتاح.
۵. مع روحانية الزمن 

• أهل البيت
۱. كتاب الزهراء القدوة
۲. في رحاب أهل البيت(ع)في جزأين
۳. نظرة إسلامية حول عاشوراء
۴. نظرة إسلامية حول الغدير
۵. علي ميزان الحق
۶. من وحي عاشوراء
۷. حديث عاشوراء
۸. تأملات في آفاق الإمام الكاظم(ع) 

الاجتماعيات
۱. دنيا الطفل.
۲. دنيا الشباب.
۳. دنيا المرأة.
۴. تأملات إسلامية حول المرأة. 

الشعر
۱. يا ظلال الإسلام.
۲. قصائد للإسلام والحياة.
۳. على شاطئ الوجدان.
المسائل والبحوث الفقهية
۱. فقه الشركة.
۲. فقه المواريث.
۳. رسالة في الرضاع.
۴. الصيد والذباحة.
۵. كتاب النكاح.
۶. القرعة والاستخارة.
۷. الوصية.
۸. اليمين والعهد والنذر.
۹. لا ضرر ولا ضرار.
۱۰. كتاب الجهاد.