Les attaques ont visé vers 07H30 (00H30 GMT), à l'heure de la messe, trois églises à Surabaya, la deuxième ville du pays dans l'est de l'île de Java.
Quelques heures plus tard, trois personnes ont été tuées et deux autres blessées dans l'explosion d'une bombe dans un immeuble d'habitation, toujours à Surabaya, a indiqué la police. Cette attaque n'a pas été revendiquée dans l'immédiat.
Les auteurs des trois premières attaques sont six membres d'une même famille: la mère, le père, les deux filles de 9 et 12 ans et les deux fils de 16 et 18 ans, a annoncé le chef de la police nationale, Tito Karnavian. La famille était liée au mouvement radical Jamaah Ansharut Daulah (JAD), qui soutient le groupe Daech.
Selon la police, 13 personnes ont été tuées et une quarantaine d'autres blessées, soit le plus lourd bilan dans ce pays depuis des attaques contre deux hôtels de luxe à Jakarta en 2009, qui avaient fait 9 morts.
Selon les médias locaux, la famille aurait pu revenir de Syrie, où des centaines d'Indonésiens ont afflué ces dernières années pour combattre aux côtés des insurgés de Daech.
La mère, identifiée comme Puji Kuswati, et ses deux filles portaient des niqabs et des bombes autour de la taille lorsqu'elles ont pénétré dans l'église Kristen Indonesia Diponegoro pour se faire exploser, selon Tito Karnavian.
Le père, Dita Priyanto, chef de cellule au sein du JAD, a foncé avec une voiture d'explosifs sur l'Eglise pentecôtiste du centre de Surabaya, alors que ses fils ont conduit des motos en direction d'un troisième lieu de culte, l'église Sainte-Marie, où ils ont activé les explosifs qu'ils portaient.
Les trois attaques "sont des attentats suicide mais les types de bombes utilisées sont différents", a souligné M. Karnavian.
Des démineurs ont par ailleurs désamorcé deux autres bombes dans l'Eglise pentecôtiste du centre de Surabaya.
L'archipel d'Asie du sud-est, pays musulman le plus peuplé du monde, est en état d'alerte depuis une série d'attentats perpétrés ces dernières années.
