مرحوم آیت‌الله یوسف صانعی از جمله فقهایی بود که پس از ارتحال امام خمینی(ره)، با نطق‌ها و دست‌نوشته‌های خود، از رهبری حضرت آیت‌الله خامنه‌ای حمایت کرد.

به گزارش حوزه اندیشه خبرگزاری تقریب، مرحوم آیت‌الله یوسف صانعی در 22 خرداد 68 گفت: «من به عنوان یک مسئله شرعی می‌گویم که تخلف از فرمان آیت‌الله خامنه‌ای گناه و معصیتی است بزرگ و رد بر او، رد بر امام صادق(ع)، رد بر رسول الله(ص)، رد بر الله و موجب خروج از ولایت‌ الله و ورود به ولایت شیطان است و طبق روایت عمر بن حنظله در باب ولایت فقیه، رد بر او در حد شرک بالله است.»

مرحوم آیت الله صانعی همچنین در مکتوب دیگری به تاریخ 4 شهریور 1369 درباره مرجعیت آیت‌الله خامنه‌ای نوشت: «اجتهاد حضرت آیت‌الله خامنه‌ای مدظله‌العالی ثبوتاً و اثباتاً نیاز به نظر دادن نداشته و ندارد و نه تنها مجتهد مسلم می‌باشد، بلکه فقیه جامع‌الشرائط واجب‌الاتباع است. امید آنکه سایه‌اش بر سر مسلمین مستدام. یوسف صانعی 4 صفر 1411»