تقع المدرسة العثمانية في الجدار الغربي للمسجد الأقصى المبارك إلى الجنوب من باب المتوضأ، بين باب سوق القطانين والمدرسة الأشرفية، وهي من وقف وبناء الست الجليلة أصفهان خاتون ابنة الأمير محمد العثمانية الشهيرة بخانم في سنة (840هـ/1436م).

وأنفقت الست أصفهان على مدرستها بسخاء، حيث كان الوقف يضم أراضي قرية كفر قرع، وأوقافاً في بلاد الروم، وكان له متولٍّ ومدرسٌ وقارئ للقرآن و9 طلبة، وبعض الصوفية.

واجهة المدرسة
يقول الدكتور يوسف النتشة، مدير دائرة السياحة والآثار في دائرة الأوقاف الإسلامية: "إن نسيج المدرسة العثمانية المعماري مشكّل من مستويين، العلوي منها يطل على قبة الصخرة المشرفة بإطلالة جميلة بواجهة ملونة مكونة من عقد مدبب يحصر نافذتين مستطيلتين، بنيت بحجارة حمراء وسوداء متداخلة مع بعضها بعضًا".

ويوصَل للمدرسة، وفق النتشة، من مدخل يقع في طريق باب المطهرة، فتح في واجهاتها الشمالية الجميلة المزخرفة بأسلوب البناء المملوكي، ويؤدي إلى "دركة" توصل لصحن وغرفة ضريح، وقاعة سفلية بها محراب عرفت باسم المسجد السفلى، وقاعة كبيرة تطل على المسجد الاقصى عرفت بالمسجد العلوي. 

والمدرسة حاليا سكن لعائلة مقدسية، لذا يصعب زيارة مرافقها الداخلية وهي تعلو ما اشتهر بحفريات النفق "الإسرائيلية"، وقد تضررت بفعل الحفر أسفلها كثيرا، وقدمت الشكاوي إلى المؤسسات العالمية كـ"اليونسكو".

وجاء في سجل الأوقاف أن من مدرسي المدرسة العثمانية شيخ الإسلام "سراج الدين عمر بن أبي اللطف" مفتي الديار المقدسية، والشيخ طه ابن العلامة شهاب الدين أحمد بن جماعة مفتي الحنفية.